在深圳市第四届人民代表大会第三次会议上，《政府工作报告》中决定筹建南方科技大学。
南方科技大学全面接收原南开大学深圳金融工程学院作为启动校区。9月，南方科技大学校园建设项目首期工程正式破土动工。12月，教育部向广东省人民政府下发《教育部关于同意筹建南方科技大学的通知》，同意筹建南方科技大学，学校代码为14325，筹建期为三年。
南方科技大学正式开学，首届45名教改实验班的学生入校就读。
南方科技大学致仁书院举行揭牌仪式。
南方科技大学教育基金会第一届理事会第一次会议成功召开，标志着南方科技大学教育基金会正式成立。
创办时间
教育部同意建立南方科技大学，并在《关于同意建立南方科技大学的通知》中明确要求南方科技大学“不断探索具有中国特色的现代大学制度，探索创新人才的培养模式” 。
《教育部办公厅关于南方科技大学2012年本科招生试点方案的批复》正式下达，同意南方科技大学按照“6+3+1”模式进行招生。
南方科技大学开始迁入新校区。
南方科技大学树仁书院成立。
南方科技大学与正威国际集团签署战略合作协议，获500万元捐款、1亿元技术产业投资基金。
深圳市政府与联合国教科文组织签署合作谅解备忘录，将在深圳设立教科文组织的二类教育中心，二类教育中心将设在南科大。
8所在深高校在南方科技大学举行签字仪式，联合倡议发起成立“深圳国际友好城市大学联盟”。
深圳国际友好城市大学联盟召开成立大会，南科大等首批来自13个国家的28所高校加盟，发表共同宣言，努力成为世界高等教育合作与交流典范。
南方科技大学研究生院成立。
深圳与联合国教科文组织签署信托基金协议，拟依托南科大设立高教创新中心。
开始了与澳门大学的博士研究生联合培养项目，开启了学校研究生教育的创新之路。
广东省政府在广州举行广东省高水平理工科大学共建协议签署仪式，南科大与广东省教育厅、深圳市政府签署《共建南方科技大学协议》，这标志着南科大正式进入首批广东省高水平（理工科）大学建设行列，深圳市将南科大建设高水平理工科大学作为深圳市委市政府的重点工作，支持南科大高层次人才引进，建设研究生联合培养基地等。
南方科技大学2016年自主招生录取工作顺利结束，共录取新生994人，并首次招录7名国际学生，在建校历史上实现了国际生源零的突破。
南方科技大学与约翰·霍普金斯大学签订合作协议，共同筹备南方科技大学医学院。
南方科技大学与香港大学、香港科技大学、新加坡国立大学、美国天普大学、哈尔滨工业大学等著名高校联合培养的研究生。
南方科技大学与诺贝尔化学奖得主罗伯特·格拉布斯（RobertH.Grubbs）合作建立的深圳格拉布斯研究院揭牌。
联合国教科文组织总干事伊琳娜·博科娃女士来校考察，充分肯定高等教育创新中心建设工作。
广东省学位委员会公布了2017年博士硕士学位授予立项建设单位名单，南方科技大学入选。
南方科技大学党委书记郭雨蓉宣布将在全国唯一一个特别合作区——深汕特别合作区设立南方科技大学海洋学院和南方科技大学教授工作室。
南方科技大学与南山区人民政府举行合作签约仪式，共同建设西丽人民医院、打造附属医院进行合作。
南方科技大学与中国科学技术大学签署战略合作框架协议，推进双方全面战略合作。
南方科技大学获批博士学位授予单位，成为国内最快获得博士授权单位的高校。
南方科技大学与香港科技大学签订合作框架协议，共建的“深港微电子学院（筹）”揭牌。
南方科技大学第一附属医院和南方科技大学第二附属医院相继在深圳市人民医院、深圳市第三人民医院揭牌。
入选广东省新一轮高水平大学建设计划中的“高水平大学重点建设高校”。
南方科技大学台州研究院举行成立暨揭牌仪式。
南方科技大学与英国伦敦国王学院在伦敦签署合作协议，正式启动共同筹建联合医学院。
首批入选中国高校行星科学联盟。
学校迎来第一批独立授予南科大学位的研究生。同时也第一次招收国际研究生留学生。
学校首次获批博士后科研流动站
南方科技大学与中国医学科学院肿瘤医院深圳医院举行合作签约仪式，共同建设“南方科技大学临床教学医院”。
南方科技大学与深圳市康宁医院合作共建附属医院精神卫生中心签约仪式举行
