国科大以“科教融合、育人为本、协同创新、服务国家”为办学理念，与中国科学院直属研究机构（包括所、院、台、中心等，以下简称“培养单位”）在管理体制、师资队伍、培养体系、科研工作等方面高度融合。学校由京内四个校区（玉泉路、中关村、奥运村、雁栖湖）、京外五个教育基地（上海、武汉、广州、成都、兰州）和分布在全国的113个培养单位组成。近年来，国科大不断深化科教融合体制机制改革和组织建设，与各培养单位“共建、共治、共享、共赢”。截至2022年12月，学校共有直属教学科研单位75个，其中院系46个，其他各类科教机构29个。
