吉首校区：1.通信与电子工程学院 2.化学化工学院 3.物理与机电工程学院 4.数学与统计学院 5.医学院 6.生物资源与环境科学学院 7.商学院 8.法学与公共管理学院 9.人文学院 10.文学与新闻传播学院 11.计算机科学与工程学院（软件工程专业目前在张家界校区） 12.药学院 13.马克思主义学院 14.音乐舞蹈学院 15.体育科学学院 16.吉首大学师范学院
张家界校区：17.美术学院 18.土木工程与建筑学院 19.旅游学院 20.外国语学院（商务英语专业目前在吉首校区） 21.民族预科教育学院
