石河子大学设有化学化工学院、机械电气工程学院、水利建筑工程学院、食品学院、信息科学与技术学院（网络空间安全学院）、农学院、动物科技学院、医学院、药学院、生命科学学院、理学院、经济与管理学院、师范学院、文学艺术学院、马克思主义学院、法学院、外国语学院、体育学院、兵团能源发展研究院等学院。
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